Заснований у 1971 р. як відділ географії транспорту. Фундатором відділу був к.техн.н. Володимир Максимович Пелих. У 1985 - 1995 рр. відділ очолював к.екон.н. Валентин Васильович Волошин - заслужений діяч науки і техніки України, член Клубу з програми ООН по навколишньому середовищу (ЮНЕП) "Global - 500". З його приходом у відділі започатковані і набули розвитку дослідження еколого-географічного спрямування, при одночасному збереженні напрямку, пов'язаному з проблематикою географії транспорту. Від 1996 р. до 2004 р. обов'язки завідувача відділом послідовно виконували: к.геогр.н. Сергій Антонович Лісовський (1996-2000 рр.), к.геогр.н. Ірина Володимирівна Гукалова (від грудня 2000 р. до вересня 2002р.), к.геогр.н. Валерій Григорович Дубін (з вересня 2002 р. до січня 2004 р). У цей період науковий підрозділ мав назву: „Відділ регіональних еколого-географічних проблем і географії транспорту”.
За період існування відділу було підготовлено 11 кандидатів географічних наук (Тарангул Л.Л., Лісовський С.А., Базілевич О.О., Дубін В.Г, Гукалова І.В., Мозговий А.А., Маруняк Є.О., Дячевська Л.П., Путренко В.В., Новікова В.І., Пашинська Н.М.), докторські дисертації захистили Тарангул Л.Л., Лісовський С.А., Гукалова І.В.
Співробітники відділу підтримують наукові та творчі зв'язки з Міністерством охорони навколишнього природного середовища, інститутами Відділення наук про Землю НАНУ, Інститутом економіки НАНУ, Київським національним університетом імені Тараса Шевченка, Національним педагогічним університетом імені Михайла Драгоманова, Мінекобезпеки, Мінтранспорту, Мінлісгоспом та ін.
Розвиваються зв'язки із зарубіжними колегами, зокрема науковцями Московського державного університетуІнституту регіональної географії (м. Лейпціг, ФРН), Інститутом екологічного просторового розвитку (м. Дрезден, ФРН), Інститутом екології лісу (м. Брно, Чеська Республіка).
