Історія формування відділу бере свій початок у 1961 р., коли при Інституті геологічних наук АН УРСР було створено відділ новітніх рухів земної кори (пізніше перейменований у відділ неотектоніки, морфоструктурного аналізу). У 1970 р. відділ морфоструктурного аналізу переведений до сектору географії Інституту геофізики АН УРСР ім. С.І. Субботіна і перейменований у відділ геоморфології. Під такою назвою відділ функціонує до теперішнього часу у складі Інституту географії Національної академії наук України.